El laboratorio investiga aspectos fisiológicos de poblaciones bacterianas en ecosistemas naturales, como punto de partida en la selección de microorganismos con diferentes capacidades; como ser transformación de matrices lácteas o vegetales, actividad detoxificante, producción de compuestos bioactivos, o con propiedades probióticas (modulación de la microbiota intestinal y actividades metabólicas del hospedador). Se desarrollan tecnologías de producción que preservan las propiedades de los microorganismos para el diseño de nuevos productos alimenticios funcionales y/o biofármacos para el hombre y animales.
Algunos resultados exitosos fueron transferidos al sector productivo, como Leche SANCOR-Bio, SANCOR Bio-fructanos y BIOFLORA (SIDUS). Actualmente se desarrollan diferentes convenios I+D con empresas alimentarias y farmacéuticas.